Sebagai instansi daerah, Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Karimun merupakan perpanjangan tangan dari pemerintah daerah. Karena itu, visi Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Karimun mengacu sepenuhnya pada visi Pemerintah Kabupaten, dengan tetap memperhatikan  lingkungan strategis yang dapat mempengaruhi eksistensi organisasi.

Visi Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Karimun dinyatakan sebagai berikut:

"Terwujudnya Kabupaten Karimun Sebagai Pusat Pertumbuhan Ekonomi Berkeadilan Berlandaskan Iman dan Taqwa"

Misi merupakan penjabaran lebih lanjut untuk merealisasikan visi yang telah ditetapkan. Misi memperjelas apa saja  yang harus dilakukan (what have to be done) dalam rangka mewujudkan visi. Dalam rangka mewujudkan visi yang telah ditetapkan, Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Karimun menetapkan misi yang harus diembannya sebagai berikut: